企业面临的困难与挑战主要有内部和外部，内部缺乏专业信息化管理的人员与团队，考虑到所在行业的个性化特点，也会担心MES系统能否与公司的内部管理、组织、流程等实现一个较好的融合。
上系统之前，内部管理已遇到不少挑战：

• 比如标准的不统一，举些简单例子，酒精在车间叫无水乙二醇，单位是桶，那在仓库可能就叫酒精，那单位可能是升；

• 日常企业管理中会统计许多报表，没上系统之前这些报表肯定是一线员工整理制作，每月月底做报表要花费人力和时间，以前仓库出本月报表都要到每个月的月初，效率不高还容易出错，最主要的是错了无法追溯。

• 改变管理困境，是上MES的初衷。
  事实上，MES是一件循序渐进、急不得的事情，不同阶段有不同追求。

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最后，MES这件事，磨刀不误砍柴工，标准化提要求，体系化做支撑、流程化来执行、制度化来保证，就比较成功！